Sultan Alauddin Riayat Shah II dilahirkan pada tahun 1513 di Kopak. Baginda adalah anakanda kepada Sultan Mahmud Shah dan Tun Fatimah [1].

Baginda telah pergi ke Pahang menemui Sultan Mahmud Shah ibni Almarhum Sultan Muhammad Shah (Sultan Pahang ke-5). Baginda telah memperisterikan Puteri Kesuma Dewi (anak marhum Sultan Mansur Shah ibni Almarhum Sultan Abdul Jamil Shah - Sultan Pahang ke-4). Pada tahun 1529, baginda ke Hujung Tanah dan membuka Pekan Tua (Kota Kara).

Pada tahun 1535, seramai 400 askar Portugis yang diketuai Estavao Da Gamma telah menyerang Johor. Baginda telah melarikan diri ke hulu iaitu Rebat, Sayong. Seri Nara Diraja (pembesar sultan) kemudiannya meninggal di Sayong disebut "Datuk Nisan Besar".

Susulan peristiwa itu Sultan Muzaffar Shah ibni Almarhum Sultan Mahmud Shah (Sultan Pahang ke-6) telah datang ke Sayong. Bagaimanapun pada tahun 1536, Estavoa Da Gamma telah menyerang Kota Kara kerana adiknya Paulo Da Gamma dan 30 orang Portugis telah dibunuh oleh orang Melayu. Justeru itu, satu perdamaian telah dimeterai antara kedua-dua belah pihak. Setelah itu, Sultan Alauddin Riayat Shah II telah berpindah ke Muar.

Pada tahun 1540, Sultan Alauddin Riayat Shah II berpindah dan membuka Johor Lama. Baginda telah pergi ke Aru bagi membantu Ratu Aru dari ancaman Acheh. Pada tahun 1564, Sultan Alauddin al-Qahhar dari Aceh telah menawan Aru dan manghalau orang-orang Johor. Kemudian Sultan Acheh telah menyerang Johor Lama dari Aru. Sultan Alauddin Riayat Shah II telah ditawan dan dibawa ke Acheh dan dibunuh di sana dan dengan itu beliau disebut "Marhum Syahid di Acheh".